整治资金主要用于农村环境基础设施建设,包括农村生活污水治理、生活垃圾收集转运体系建设(含综合利用项目)、非规模化畜禽养殖污染治理、饮用水源地保护、遗留工矿污染治理等项目和苏南太湖流域所属行政村的氮磷拦截项目。