省环保厅会同省财政厅制定项目申报指南，引导资金支持的项目，原则上应在上一年度完成项目申报、审核及入库工作。省环保厅应结合省以下环保机构监测监察执法垂直管理要求，编制“十三五”省级环保能力建设规划，未纳入规划的能力建设项目，引导资金不予支持。
符合条件的项目单位向所在地环保和财政部门申报项目，环保部门会同财政部门对申报材料进行初步审查，环保部门主要对申报项目内容、范围、条件等进行实质性审查，财政部门主要对申报材料的完整性、合规性等进行程序性审查。对符合申报条件和要求的项目，由项目所在地环保部门和财政部门联合向省环保厅和省财政厅报送；省属单位直接向省环保厅和省财政厅报送。