财政部、工业和信息化部通过发布工作指南组织实施。工作指南原则上应于每年4月30日前向社会公开发布，明确资金申报、审核、分配、下达等工作要求。财政部将工业转型升级（中国制造2025）资金列入专项转移支付或纳入工业和信息化部部门预算。资金支付按照国库集中支付制度的有关规定执行。涉及政府采购的，应按照政府采购有关法律制度规定执行。根据支持领域特点和实际工作需要，工业和信息化部务同财政部建立项目库、定期评价和退出机制，组织开展绩效评价，并加强绩效评价结果的应用。