提交十三届全国人大一次会议审查批准的中央预算是按机构改革前的部门和职能编制的。这次机构改革中，有的部门部分职能划转，有的部门整体划转不再保留，与之相关的资产、人员、预算划转等情况复杂。为保证机构改革工作稳妥推进和预算顺利执行，确保在全国人大批准预算后的二十日内向部门批复预算、部门在财政部批复后二十日内向社会公开预算，今年财政部结合机构改革情况，在预算批复时区别不同情况采取了不同办法，相应地部门预算公开形式有所变化：
一是不涉及机构改革的中央部门，如教育部，继续比照2017年公开办法，公开本部门职能、机构设置、8张报表、报表和重点项目情况说明（需要公开重点项目的部门）、名词解释等。
二是涉及个别职能划出、划入的中央部门，如财政部、审计署等，参照不涉及机构改革的中央部门预算公开情况，公开本部门职能和机构设置、8张报表、报表和重点项目情况说明（需要公开重点项目的部门）、名词解释等。其中，涉及职能调整和预算事项变化的，在公开部门职能和预算收支情况时，对机构改革和执行中的预算变化情况作出说明。
三是涉及整体职能整合的中央部门，如文化和旅游部、司法部，不再公开改革前的部门职能和机构设置，但要对机构改革以及整合后部门预算汇总情况作出说明，并分别公开原部门的预算，包括8张报表，报表和重点项目情况说明（需要公开重点项目的部门）。
需要说明的是，机构改革过程中，已具备条件的部门都将按预算法规定在4月13日公开部门预算。