在《政府会计制度——行政事业单位会计科目和报表》的系列补充规定制定过程中，我们主要遵循了以下原则：
（一）整体统一原则。在系列补充规定制定过程中，对于会计科目设置、报表编报要求、行业特殊业务和事项的会计处理等都遵循了与《政府会计制度》一致的原则，以保持政府会计制度的整体性和内在一致性，确保不同行业事业单位财务报告信息和决算报告信息的可比性。
（二）继承创新原则。由于部分行业事业单位的特殊业务未完全体现在《政府会计制度》中，系列补充规定对这些行业特殊业务的会计处理做出了规定。在对这些行业特殊业务的会计处理进行规范时，系列补充规定既一定程度继承了现行行业事业单位会计制度有关行业特殊业务和事项的会计处理规定，又根据实务发展变化，依据《政府会计制度》确立的核算框架和原则进行了一定程度的创新，从而将这些特殊业务的会计处理规定有机融入新的《政府会计制度》。
（三）服务改革原则。医疗、教育、彩票等相关行业事业单位近些年来改革力度大，很多新出现的特殊业务和事项的会计核算需要通过补充规定做进一步规范。比如，在医院补充规定中，明确药品采购运杂费的会计处理，以适应公立医院取消药品加成改革要求；在基层医疗卫生机构补充规定中，明确公共卫生服务相关收入和费用的会计核算，以配合基本公共卫生服务项目改革要求；在高等学校补充规定中，增加了对留本基金投资、出资设立非企业法人单位等会计处理的规定，以满足高校特殊业务的核算需要；在彩票机构补充规定中，明确了彩票兑奖周转金的会计处理，以适应彩票机构财务管理最新改革的需要等。