《意见》主要对三个层面的结构提出了要求：
一是政府财政支出结构，要优先保障教育。教育投入是支撑国家长远发展的基础性、战略性投资，是教育事业的物质基础，是公共财政的重要职能。一方面，要调整优化各级政府财政支出结构，优先落实教育投入；另一方面，要推进教育领域中央与地方财政事权和支出责任划分改革，合理划分教育领域政府间财政事权和支出责任。最终，要保证国家财政性教育经费支出占国内生产总值比例一般不低于4％，确保一般公共预算教育支出逐年只增不减，确保按在校学生人数平均的一般公共预算教育支出逐年只增不减。
二是教育经费来源结构，要完善投入机制。目前，教育经费总投入80%以上来自财政性教育经费，社会投入所占比重偏低。要巩固完善以政府投入为主、多渠道筹集教育经费的体制，完善教育经费投入机制，在继续保持财政教育投入强度的同时，不断扩大社会投入，逐步提高教育经费总投入中社会投入所占比重。结合教育事业发展需求和财力状况，《意见》强调要更多通过政策设计、制度设计、标准设计带动投入，坚持“两条腿”走路，完善两个方面的机制：一方面，“稳”财政投入的机制。要建立健全国家教育标准体系，科学核定基本办学成本，全面建立生均拨款制度。到2020年，各地要制定区域内各级学校生均经费基本标准和生均财政拨款基本标准并建立健全动态调整机制。另一方面，“扩”社会投入的机制。要完善鼓励社会力量兴办教育的政策制度，依法落实税费减免政策，按规定落实公益性捐赠税收优惠政策，完善社会捐赠收入财政配比政策。要完善非义务教育培养成本分担机制，建立与拨款、资助水平等相适应的收费标准动态调整机制。
三是教育经费使用结构，要区分轻重缓急。在各级各类教育之间要突出“重点”，重点保障义务教育均衡发展，切实落实政府责任；在具体支出项目之间要突出“优先”，将教师队伍建设作为教育投入重点予以优先保障，不断提高教师队伍建设保障水平；在地区和群体之间要突出“倾斜”，着力向“三区三州”等深度贫困地区和建档立卡等贫困学生倾斜，存量资金优先保障、增量资金更多用于支持深度贫困地区发展教育和贫困家庭子女接受教育，推动实现建档立卡贫困人口教育基本公共服务全覆盖。在此基础上，着力补齐教育发展短板，聚焦服务国家重大战略，持续加大教育教学改革投入等要求。